Poslije nekoliko mjeseci opet se vraća u Njujork starim poznanicima. Nalazi novo zaposlenje u fabrici keksa i tada počinje da pohađa večernje fabričke kurseve i dopunjava znanje.
U fabrici keksa upoznaje ložača Džima, koji ga podučava parnim mašinama, i prijatelja Bilhartsa, koji ga uči grčki i latinski. Sve to on umješno koristi na večernjim kursevima da bi lakše savladao gradivo koje je bilo potrebno za prijemni ispit na koledžu za buduću univerzitetsku karijeru. Tri godine je Pupin pohađao večernje kurseve u Kuperovoj uniji i toliko se usavršio u engleskom, grčkom i latinskom jeziku i stekao dovoljno znanja da se prijavi za prijemni ispit na koledžu “Kolumbija”. U jesen 1879. godine uspješno je položio prijemni ispit i otpočeo studije na ovom čuvenom njujorškom koledžu.
Bio je veoma uspješan u učenju, ali takođe i u atletskim takmičenjima, što mu je donijelo mnogo ugleda među studentima. Poslije diplomiranja, 1883. godine, dobio je stipendiju za dalje usavršavanje iz teorijske fizike. Iste godine kad je završio školovanje na koledžu “Kolumbija”, Pupin je postao američki građanin.
Kao stipendista koledža “Kolumbija”, a zatim i kao prvi Tindalov stipendista, Pupin je sljedećih šest godina proveo na studijama fizike i elektrotehnike u Kembridžu u Engleskoj i Berlinu u Njemačkoj. Juna 1883. godine Pupin se uputio na postdiplomske studije u Englesku. Bilo je to devet godina nakon njegovog dolaska u SAD.
Velika je bila razlika između seljačeta koje je došlo u Ameriku i zrelog i školovanog mladog čovjeka koji je krenuo putem nauke poslije briljantno okončanog školovanja na koledžu “Kolumbija”. Stipendija koju je dobio obavezivala ga je da se poslije studija u Evropi vrati na koledž “Kolumbija” i postane nastavnik iz teorijske elektrotehnike.
Pupin je, želeći da dopuni svoje eksperimentalno znanje, pomišljao da stupi u Kevendiševu laboratoriju. Međutim, dotadašnji upravnik laboratorije Lord Rejli napustio je ovu uglednu dužnost, a za upravnika je postavljen Džordž Tomson, mladi fizičar, samo dvije godine stariji od Pupina. Ovo je izgleda pokolebalo Pupina i prije konačne odluke šta dalje da radi, iz Amerike je stigla vijest da je dobio stipendiju koja je zasnovana na prihodima od predavanja velikog fizičara Tindala, koja je ovaj naučnik držao širom Amerike 1872. i 1873. godine.
Profesor Bernard, predsjednik koledža “Kolumbija”, obavijestio je Pupina o njihovoj odluci i poslao mu preporuku za profesora Tindala, nasljednika Faradeja kao člana uprave Kraljevskog instituta u Londonu. Pupin je posjetio Tindala i ovaj mu je preporučio da nastavi studije eksperimentalne fizike kod profesora Hermana Helmholca u Berlinu. Pri prvom susretu s Tindalom, Pupin je dobio niz savjeta i preporuka i tekst Tindalovih predavanja o svjetlosti koja je on držao u Americi.
Drugi susret Tindala i Pupina bio je takođe srdačan. Kada mu je Pupin rekao da će rado ići na dalje studije eksperimentalne fizike kod Helmholca, Tindal je odgovorio da će tamo vidjeti stvari za kojima žude u laboratorijama na svim koledžima i univerzitetima u Americi i Velikoj Britaniji.
