Pupin je u autobiografiji detaljno opisao naizmjenične struje, pomenuvši Teslino ime samo jednom, na 396. strani. Kada je Tesli dodjeljivan počasni doktorat na univerzitetima “Kolumbija” i “Jejl”, Pupin je izrazio neslaganje s tim. Ipak, priznanja su Tesli dodijeljena.
I kada je Tesla 1892. najavio mogućnost slanja visokofrekventnih struja na neograničene udaljenosti i isto patentirao, a istovremeno potvrdio mogućnost slanja telefonskih poruka posredstvom transatlantskog kabla, Pupin se takođe tome protivio. Tada je Pupin počeo da istražuje američke patente i 10. februara 1894. i sam podnio patentni zahtjev iz višelinijske telegrafije napisavši: ”Tvrdim da sam ja prvi koji čini praktični pokušaj primjene višelinijske telegrafije”.
Negativan odgovor na svoj patentni zahtjev dobio je nekoliko mjeseci kasnije od Džona Sejmura, navodeći odbijanje prema prikazu iz Teslinog članka o eksperimentima s naizmjeničnim strujama. Sejmur je u daljem prikazu naveo da je Pupin samo multiplicirao nekoliko Teslinih kola, što se ni u kom slučaju nije moglo prihvatiti za patent. Pupin je za svoju tvrdnju angažovao advokata i vodio spor s Patentnim biroom punih šest godina, sve dok se Sejmur nije penzionisao.
Mark Sejfer navodi da je Tesla eksperimentisao s X-zracima nekoliko godina prije Rendgenovog otkrića, ali im nije pridavao značaj. Nazvao ih je šedougraf, imenom koje je uzeo od Sorena Kirkegarda, koji ih je opisao u svom studiji “Ili ili”. Pupin je pronalazak X-zraka primio kao najznačajniji pronalazak u njegovom životnom vijeku i odmah je pristupio njihovom temeljnom istraživanju.
Po povratku Tesle iz Kolorada, u Njujorku je boravio Markoni i tražio da održi predavanje o bežičnom prenosu. Teslin komentar bio je: ”Kada sam ja poslao talase oko svijeta iz moje laboratorije u Koloradu, Markoni je eksperimentisao s mojim uređajima, i to neuspješno”. Još jednom je Markoni boravio u Njujorku tvrdeći da je on prvi poslao signale oko svijeta, na šta je Tesla komentarisao: ”Kada sam otišao da vidim Markonija, on je saznao da sam tu, razbolio se i odložio predavanje”. Ipak, posredovanjem Pupina, Markoni je predstavljen Tesli u naučnom klubu i tom prilikom je Pupin bio veoma raspoložen zbog penzionisanja Džona Sejmura iz Patentnog biroa. Boraveći u Teslinoj laboratoriji, Markoni je izrazio sumnju u rad transformatora, a Tesla mu je odgovorio: ”Vrijeme će pokazati, gospodine Markoni”.
Tom prilikom Pupin se ponudio Markoniju za konsultanta, a Markoni je od njega tražio i susret s Edisonom, kako bi od njega izvukao saznanje o slanju poruka iz voza tokom kretanja. Pupinu je data uloga posrednika odgovarala, a baš tih godina počeo je da dobija materijalna sredstva za svoje patente. U junu 1900. dobio je od “AT&T” 3.000 dolara, a dogovoreni iznos bio je 200.000 dolara. Time se Pupin materijalno obezbijedio za duži period, pa publicista Mark Sejfer ističe da je Pupin bolje razumio Tesline principe od samog Tesle.
On takođe navodi da je Tesla smatrao da se Markoni i Pupin bave piratskim djelatnostima. Tesla je Markonija nazvao parazitom i mikrobom opake bolesti. Kada je Markoni pripremao odašiljač na Nju Faundlendu za radio-emisiju, pitali su Pupina da li vjeruje u uspjeh. On je odgovorio: “Svakako da”. I pored svih nesuglasica s Teslom, Markoni je čak došao da vidi njegov toranj u Vardenklifu. A kada ni Morgan nije mogao da poveća sredstva za dovršetak tornja, pošto je i sam bio zapao u finansijske teškoće, Tesla je napisao: ”Koalicija Edison-Pupin-Markoni zadaje mi ogromne teškoće”. Kada je Pupin pozvan da svjedoči u sporu Tesla-Markoni, Pupin je napisao: ”Ja sam pronašao bežičnu telefoniju prije Tesle i Markonija”.
